军镇彻底转为内地府县。
合银川、宁夏中卫、固原等地设立宁夏布政使司，派流官将其经营为西北的大后方。
第三段是关于三边总督职责的调整。
继续驻兰州，但辖区从过去的陕西、宁夏、甘肃三镇。
调整为陕西镇、青海、甘肃、宁夏四地，这是顺应青海新附的现实。
第四段是青海的具体设置。
设立青海都指挥使司和青海巡抚衙门，驻军三个卫，总兵驻刚察，巡抚驻西宁。
职责很明确：镇守地方，弹压可能出现的动乱，招抚青海各部族，逐步推行编户齐民。
同时西宁卫、庄浪卫土司兵马裁撤，改土归流，祁、李、鲁土司赐爵替换。
第五段是关于甘肃镇。
建制不变，但要在居延海——黑河的尾闾湖设立军堡，受甘肃镇节制。
居延海是通往哈密、西域的要冲，在此设堡，意味着大明对西域方向开始施加压力。
最后一段是关于甘肃总兵杨嘉谟部的任务。
保持两个骑兵卫、两个炮兵卫的编制，与青海、宁夏、漠北联动。
对哈密、西域方向保持战略压力，并为“未来可能的西进”做准备。
朱由校放下题本，手指在案面上轻轻敲击。
“青海设立都司，是有必要的。”他抬起眼。
“但察哈尔部，先生准备如何安排？”
孙承宗早有准备，从容答道：
“察哈尔部原属朔方，是林丹巴图尔在天启二年强制迁徙至青海的。
据孙伯雅奏报，许多部众思念故土，希望返回辽河、老哈河流域。”
他顿了顿：“臣以为，愿意返回的，让他们回去便好。
既可充实朔方人口，也可化解青海的潜在动荡。
不愿返回的，可留在青海，编入户籍，授予草场。”
朱由校点头。
漠南地广人稀，增加人口是好事。
而留在青海的察哈尔部众，实力被分散，又有稳定的草场和生计，也不容易再生事端。
但他思虑更深一层：“留在青海的察哈尔部，终究是个麻烦。
林丹汗虽死，但他不是庸才，其子额哲尚在，部众中仍有念旧主者。”
孙承宗静待下文。
朱由校缓缓道：“朕有意，释放脑毛大。”
脑毛大，林丹汗的亲信大将，青海之战被孙传庭逼降，如今关押在兰州。
“让他整编留在青海
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