1937年抗日战争爆发后，任第四战区司令长官。1938年任军事委员会参谋长，负责战时的军制、计划和指挥。
如果按照原历史进程继续发展的话，何应钦1941年和蒋介石一起策划了皖南事变。1944年任中国陆军总司令，指挥了长衡会战和湘西反攻战。1945年代表中国政府接受倭国投降。1946年任重庆行营主任，后赴美任联合国军事参谋委员会中国政府代表。1948年回国，支持蒋介石发动反革命内战，任国防部长。1949年初，蒋介石"下野"时，一度任国民党政府行政院长，旋即辞职。后去台湾。1950年任蒋介石战略顾问委员会主席，兼任国民党中央咨询委员会委员等职。
但是来自未来的力量已经改变了历史进程，在新政府成立时之所以没有把他驱回老家养老，主要是MZD总统考虑到何应钦是国民政府要员，况且与倭国签订出卖国家主权的《溏沽协定》、《何梅协定》，应该是何应钦代表当时的国民政府，而并非是他个人的行为。国共合作的基础是求同存异，MZD总统反复强调既往不咎，所以何应钦被委以国防部副部长的重任。但是，何应钦自己却对这段不光彩的历史耿耿于怀，感到自己当初被倭国鬼子给涮了一把，早知道小鬼子这么不禁打还同它签个球协定，以至于投降卖国的黑锅扣到自己的身上。就算是M先生大度既往不咎，所有历史从新政府开始，这口窝囊气如何能咽得下去，在国人的心目中不还是个投降的形象么？所以何应钦要亲自指挥一场歼灭日军的战役，用倭国鬼子的血来洗刷自己身上的耻辱，这是他极力主战的重要原因。支持对倭国动武的还有副总参谋长李宗仁，以及各大军区的司令员，尤其是东北军区司令员周远，声称不必动用其他军区的力量，以东北军区的部队收复东北，然后歼灭苏联远东境内的日军，至于远东地区如何处理他没有说出来。
MZD总统今天的心情似乎不错，由始至终微笑着认真倾听大家发表意见，偶尔插话询问一些细节，看来这件事对他来说并不是件棘手的事，如何妥善处理早
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