噶尔到最后依旧降而复叛，雍正击败了准噶尔，青海罗卜藏丹津又起来叛乱，乾隆初年，原本被征服的喀尔喀蒙古也再次生乱。
蒙古诸部的乱象，直到乾隆年间才逐渐平息，一方面是乾隆年间对黄教的控制逐步加强，另一方面则是因为乾隆年间清军在平准之时的屠杀行为，摧毁西域的黄教基础，导致回教势力大举侵入西域，截断了黄教和蒙古诸部的直接联系，当然，副作用就是西域原本的黄教介入、蒙古部族为核心的民族动乱，演变成了回教主导的纯正的宗教动乱。
“日后我们一统天下，对蒙古、西域和西藏的战争，在这种局势下，是一定不可避免的”侯俊铖说得斩钉截铁，在后世总有一种说法，因为清廷在康雍乾三代陆续平定了西藏、蒙古和西域，因此便有了“嫁妆论”的说法，认为现代中国的国土，大部分是满清带来的“嫁妆”。
这种观点就是完全忽略了在这个时代，在黄教的影响下地缘政治的剧烈变化所带来的影响。历代中原王朝对于边疆开拓最初的动力是为了“安全”，然后在边疆开拓中维持收支平衡，至少是不能亏本太多，才能维持长期的驻扎和经营，最终转化为国土。
汉代开拓西域，是为了侧击匈奴，保证自己侧翼的安全，然后附带的打通了丝绸之路，通过商贸能够维持在西域的治理和驻军，才有了对西域地区的长期统治。唐代开拓西域，出发点同样也是为了应对突厥、保证自身的安全，唐代陆上丝绸之路达到最为鼎盛的时期，因此唐代在西域的经营，也达到了古典王朝的顶峰。
到了明代，一方面西域始终没有形成一个巨大的威胁，也没有像以往匈奴、突厥那样，草原部族控制西域形成半牧半耕的复合型汗国对大明产生致命的威胁，与此同时，路上丝绸之路也已经荒废，甚至甘陕地区都成了大片的无人区，经营西域完全成了入不敷出的亏本买卖，因此明廷只在太祖太宗年间对西域有过短暂的进取和经营，而且一直断断续续的，持续时间也不长。
满清虽然也出身边疆地带，但其对边疆的治理和经营，却和传统中原王朝并没有什么本质的区别，出发点依旧是因为
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