康熙十五年夏，福建清军赖塔部趁夜突袭耿军储粮之地大溪滩，守卫仙霞关的马九玉正巧也遣军欲劫取清军大营，双方于九龙山附近的江面上相遇，彼此莫辨，清军连发大炮，耿军措手不及、仓皇溃退，清军趁势掩杀，耿军精锐损失殆尽，败军逃回九龙山的耿军大营。
次日，清军趁胜追击，正惊惶不定的耿军大败，马九玉仅余三十余骑逃遁，仙霞关守军见主将逃跑、外围阵地全部丢失、主力兵团为清军击溃，孤立无援之下开关投降，自此福建大门洞开。
杰书挥兵直入、清军势如破竹，连陷浦城、建阳、建宁，将福州耿精忠本部和西面白显忠所部耿军军团拦腰截断，白显忠势穷力孤，在南昌居中镇守的岳乐得知杰书攻开仙霞关入闽，正好西北抽调而来的穆占所部已经抵达，便遣派穆占会同浙江南下的江宁将军额楚南北夹攻白显忠，白显忠独木难支，率数万耿军投降。
在福州的耿精忠还想做最后的努力，一面遣使和郑军议和，一面下令守卫温州的曾养性走海路回援福州，但郑军对他这个将死之人毫不理会，只想趁乱抢地盘，出兵占据莆田，兵锋直指福州，而统领耿军水师的将领朱大贵也突然投降清廷、截断了曾养性回援福州的海路，耿精忠调度失灵、彻底穷途末路。
至冬初，杰书围陷延平，守卫延平的耿继美投降，耿精忠惊慌失措，想要投降，又担心清廷秋后算账，欲统领福州水师航海外逃，被其亲信徐文焕劝住，杰书得徐文焕书信，知耿精忠有外逃之心，挑选精锐昼夜兼程赶赴福州，耿精忠见清军兵临城下，只能率文武官员出福州城投降。
各地耿军将官见耿精忠投降清军，失去了依靠，也纷纷各谋出路，镇守温州的曾养性投降清军，兴华、邵武等地的耿军将官不愿降清，便投降了郑军，杰书为彻底平定福建，决定对耿精忠采取安抚之策，向耿精忠承诺保其靖南王之位，令其督所部旧军随大军征剿郑经，图功赎罪。
侯俊铖便是这个时候再次来到赣南根据地，这一次他倒是比之前轻松了不少，如今赣州大半为吴军所占，双方明面上还是盟友，只要红营不向广东发展，吴军对红营
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