云南后卫、建昌卫、临安卫共7卫以及曲靖守御千户所、会川守御千户所。
其中会川守御千户所隶属于建昌卫，曲靖守御千户所直隶于云南都指挥使司，同时又设置有东川卫、乌撒卫、乌蒙卫、芒部卫、普安卫这5卫最初亦隶属于云南都指挥使司。
2月改曲靖守御千户所为曲靖军民指挥使司，安置于楚雄卫，3月置（大理卫）又改曲靖军民指挥使司为卫。
10月建昌卫和会川守御千户所改隶四川都司，另外还设有；霑益守御千户所、盘江守御千户所，直隶于四川行都司，其中霑益守御千户所改为霑益卫。
在云南承宣布政使司下除了正式府州还设有南甸宣慰司、干崖宣慰司、麓川平缅宣慰司，以及木邦宣慰司、孟养宣慰司、缅甸宣慰司、八百大甸宣慰司、车里宣慰司、老挝宣尉司。
随后朝廷改原来设立的〈拱卫司〉后改称「亲军都尉府」统辖（仪鸾司）掌管皇帝陛下的仪仗和侍卫，但明太祖为了加强维护皇权便裁撤了亲军都尉府与仪鸾司，改置〈锦衣卫〉隶属于「南北镇抚司」。
这点作为皇帝侍卫宫廷的军事机构，锦衣卫主要职能为〈掌直驾侍卫、巡查缉捕〉从事侦察、逮捕、审问等活动，也有参与收集军情、策反敌将的工作。
其中〈南镇抚司〉负责本卫的法纪、军纪，「北镇抚司」负责传理皇帝钦定的案件，拥有自己的监狱（诏狱）可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过司法机构。
北镇抚司外部任务较多，经常出差全国，故此北镇抚司外出特务皆为〈钦差〉明代最有名的锦衣卫即为（北镇抚司十三太保）。
南北镇抚司下设有五个卫所，其统领官称为千户、百户、总旗、小旗，普通军士称为校尉、力士。校尉和力士在执行缉盗拿奸任务时，被称为「缇骑」其首领称为（锦衣卫指挥使）皇帝的亲信武将担任，直接听从天子陛下调令可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯和处死。
明洪武十六年公元1383年琉球南山国王：承察度，遣使向大明帝国朝贡得到了明太祖的认可，直到明洪武十八年公元1385年明太祖使者到达琉球南山国亲自赐封
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