国防军事层面时，拥有最高程度的执法权。部长由干柿沧龙担任。
第十，行动审查部，负责对内审查工作质量，以及对于违反规定的忍者与武士，给予相应处罚。由将军本人担任。
第十一，特别突击部，负责特殊行动的部队，直属于将军本人，类似忍者村刚刚诞生的暗部机构。部长由宇智波十六夜担任。
第十二，秘书管理部，服务弥生处理公务和私人生活的秘书团队，由弥生的正室和各位侧室组成。而且由于部门的特殊性，薪水不走财务审计部门，而是从弥生的私人金库中发放。部长是织田（日向）归蝶。
十二个部门，可以说是各司其职，互不统属，但相互之间，却可以紧密无间的合作。
原本弥生是想把绯纱奈按在特殊支援部的部长位置上的，毕竟她的感知忍术、封印术和结界术等，确实出类拔萃。
但她太懒了，根本没兴趣管理，所以弥生只能退而求其次，让能力相关的优秀上忍担任。
此外，警务部队的部长，一开始也并非干柿沧龙，弥生钟意的人选是宇智波北斗。
可惜的是，由于十六夜已经担任特别突击部的部长，弥生只能把北斗安排在人才教育部，担任黑兵卫的副手。
毕竟北斗年龄也比较大了，实力开始出现下滑，正好他还有考古的工作要干，弥生就把他安排在人才教育部。
平时没事的时候，还可以和黑兵卫一起教导学生，编写基础教材。
而镰光、云取等家族的族长，虽然没有担任部长，但副部长的位置，都为他们保留着。
毕竟相比宇智波一族和油女一族，夜之国其余忍族的实力，确实要弱了不止一筹。
至于警务治安部，为什么最终决定交给干柿一族的族长干柿沧龙，一来干柿沧龙品性不错，看上去凶神恶煞，但实质比较保守、细腻，工作上不容易出错。
能力上，干柿沧龙同样不容小觑，起码能打剧情开篇时的两个旗木卡卡西。