令下后，雍城内首先有大批嫪毐的舍人被抓捕或主动投案，都收监由廷尉府审讯。隔了一天，眉县发来消息，有大批叛军从县境通过，县内兵力不足，只能闭城自守。内史判断，嫪毐一定是准备潜出关外，投奔诸侯。秦王即令内史传令各县，务要搜捕嫪毐，不令其出关。文书飞报各县。
又过了两天，咸阳县来报，咸阳县征兵一万，奉命前来雍城勤王。于废丘一线与叛军相遇，斩首数百级。秦王对咸阳县表示了嘉奖，通报他们说，雍城叛乱已平，正在搜捕叛臣，令咸阳卒就地安营，准备策应各县。令二丞相即回雍城，襄理政事。
秦王在雍城一直停留到九月，嫪毐及其余党全部被抓获。嫪毐数月潜伏在山中，须眉皆长，明明白白地显示出其并非宫人。这年九月，天气异常寒冷，关中各地都有人被冻死。嫪毐及其余党耐不住寒冷，被迫出山投案自首。县里用囚车送到雍城。
太后经此大乱，终日以泪洗面，她想求见秦王，秦王拒不与见。
嫪毐与太后所生的两个儿子也被找到，一个三岁，一个还不足周岁。秦王下令将两个孩子装在麻袋里，摔死在殿前阶下。太后再一次急火攻心，昏厥过去。
秦王剥夺了太后的印玺，将太后留在雍城，自己率领卫队返回咸阳。符节令无过，被释放，官复原职。边军公乘以爵赎罪，废为士伍。雍城令罚二甲，戴罪守原职。讨伐叛逆有功人员由郎中令和卫尉登记造册，由丞相核对后，交相府发县封爵。凡参与平叛作战的人员，一律赐一爵，那怕是宫人也不例外。
嫪毐及其党人，全都带回咸阳继续审问。假冒宫人混入宫中，这是一项大罪，没有人协助是不可能的。秦王下令彻查，一定要将徇私枉法的人追查出来。