题，朱载坖有明确的看法，无论是否调张居正回来，督师南京都必须保留，以内阁大学士督师南京，是朝廷加强对于东南控制的重要手段，这是不能动摇的。
高拱认为，张居正在南京任上，确实是建树颇多，南直隶、浙江等处的清丈田亩、赋役改革等，都干的非常之漂亮，现在正是大举推动改革的时候，张居正再留在南京，就有些不合时宜了。
高拱建议将张居正调回京师，由殷士儋出镇南京。朱载坖当然知道高拱的意思，这样一来的话，在内阁中就没有明确和高拱唱反调的人了，郭朴是高拱的政治盟友，张居正在很大程度上和高拱的政治主张相近，陈以勤去修书了，吕调阳根本不能对高拱造成什么威胁，这样的内阁正好适合高拱大展拳脚。
朱载坖于是同意了高拱的意见，下旨日后内外章疏，不管是拟票批红之后还是直接御批之后，都要经过内阁再发转六科，其二就是原武英殿大学士张居正回京办事，文华殿大学士，少师兼太子太师、礼部尚书殷士儋督师南京，仍兼南京兵部尚书参赞机务，节制浙直闽广等处水陆军务事兼督理粮储，假节钺如故。
随后朱载坖下令，正式在内阁实施分票制，要求首辅高拱拟定分票方案。