而在对于都司卫所予以改革之后，朱载坖的下一个改革重点就是优免制度了，这是一个很难的问题，动这些官员们的蛋糕，肯定是个极为难啃的骨头，对于这些官吏们来说，优免的政策是关系到他们的切身利益的，即便朱载坖是皇帝，要想去动也要掂量一下轻重。
朱载坖为此事首先召见了内阁首辅张居正，朱载坖要求修改优免则例，理由也很充分，由于实行了一条鞭法和摊丁入亩，朝廷赋税征收已经从田亩、人丁转移到纯粹的田亩，原有的免田免丁的优免则例自然是不能适用了，所以为了适应朝廷的新政，自然是要重新制定优免则例了。
朱载坖向张居正表明了自己的想法，要求修改朝廷的优免则例，对于朱载坖的这个要求，张居正认为也是合适的，毕竟朝廷的赋税制度已经发生了重大的变化，为此重修优免则例也是一个很正常的要求。
不过朱载坖的目的显然不至于对于现行的优免制度进行改革，朱载坖问道：“朕自即位以来，三令五申，重申太祖惩贪之法，亦增官俸，而贪官污吏，有增无减，适合道理？”
这也是朱载坖很头疼的问题，从朱载坖即位以来，还是改善了大明的官俸发放，不仅增加了官俸，而且改变了官俸的发放方式，将官员的收入分为官俸和禄米两部分，官府以银钱形式发放，禄米以本色形式发放，官员们的收入还是增加了的，但是在这样情况之下，大明的贪官污吏仍旧层出不穷，都察院统计，这五年以来，被审计出来或者被巡按御史等监察官员予以弹劾的七品以上官员，多达六百余人，至于七品以下和吏员更是不可胜数。
大明现在全国也不过内外文职三万一千员，就有这么多的贪官，这还是被查出来的，那些没有被查出来的，还不知道有多少，朱载坖惩治这些官员的手段虽然不及太祖皇帝酷烈，但是也是非常酷烈的，杀人、流放极边并且要严厉追赃，但是在这种情况之下，这些贪官污吏仍然是杀之不绝，这是朱载坖最无法理解的。
张居正对于这个问题也有些无话可说，吏治问题确实是一个极为严峻的问题，虽然朝廷已经多次重申，要这些官员们洁身自好，
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