楚这件事情对于一个皇帝的打击，成山侯王通在没有朝廷命令和皇帝旨意的情况，就擅自和安南叛逆议和，而更加要命的是什么？是王通却获得了在场大多数将领同意议和的支持，原因也很简单：“诸将校以我军相持日久，且瘴疠时作，死亡甚多，遂从通议，与利连和而擅退兵”。
虽然朝廷时候严惩了王通，将其处斩，但是其影响是巨大的，即便是皇帝，也不得不考虑军心士气，当时的大明军队，已经在安南这个血肉磨坊中耗尽了锐气，再不从中撤出的话，官军恐怕无法维持了。所以戚继光建议朱载坖必须要从速用兵，以雷霆之势，彻底瓦解安南的抵抗，才能够建立起大明在安南的统治。
这点朱载坖是很清楚的，正是因为知道取安南的不易，所以朱载坖才一直没有动手，就是担心重蹈覆辙，为了准备征讨安南，朱载坖是做了多方面的准备了。
首先就是修通直道，以加强朝廷对于广西的控制同时方便后勤物资的供应，现在京广直道除了广西段之外，其余各省的直道修筑已经是接近完工了，朝廷连接北直隶、河南、湖广等省份的交通大动脉即将贯通，对于朝廷来说了解相关的情况就更加方便了，同时在工部的组织下，朝廷也在修整云南、缅甸和广东的道路，为征讨安南做准备。
其实就是重要的应对瘴疠的问题，这点朱载坖已经有了一些办法，瘴疠的主要致病因素其实就是疟疾、痢疾等病症，这点翰林医官院已经确认了，朱载坖当然知道蚊虫和饮水的污染是感染这些疾病的重要原因，翰林医官院在缅甸也发现了蚊子致病这一事实。
瘴疠一旦发作，多泻泄,一似河鱼之腹疾，为了征讨安南，朱载坖早就命令翰林医官院研究相应的办法，同时朱载坖多次派遣翰林医官到缅甸去巡诊，也是为了了解瘴疠的情况，找到治疗这些疾病的办法，保证官军能够在南洋作战，朱载坖也不得不承认，大明在开拓缅甸的时候，所付出的人命是极为庞大的，不仅仅是官军士卒，就是流放到缅甸的罪犯，也是十不存一。
不过也为大明积累了丰富的经验，按照翰林医官院的说法，瘴疠致病，主要病因是外感时邪疫毒，内
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