伤饮食不洁。病位在肠，与脾胃有密切关系。病机为湿热、疫毒、寒湿结于肠腑，气血壅滞，脂膜血络受损，化为脓血，大肠传导失司，发为痢疾。
发病原因是一为疫毒之邪，内侵肠胃，发病骤急，形成疫毒痢；二为湿热之邪。湿郁热蒸，胃肠气机阻滞，发为湿热痢；三为夏暑感寒伤湿，寒湿伤中，胃肠不和，气血壅滞，发为寒湿痢。平素嗜食肥甘厚味，或误食馊腐不洁之物，酿生湿热，或夏月恣食生冷瓜果，损伤脾胃，中央受困，湿热或寒湿、食积之邪内蕴，肠中气机阻滞，气滞血瘀，与肠中腐浊相搏结，化为脓血，而致本病。
从翰林医官院在缅甸等地的实践在看，在住房上要远离池塘等静水，饮食清洁，不饮生水，用雄黄、硫磺等驱除蚊虫，可以极大的减少患病的概率。
按照翰林医官院的说法，只要能够保证住处干爽，饮食清洁，同时避免蚊虫叮咬的话，患病的几率就会极大的下降，事实上按照翰林医官院的做法，现在大明在缅甸的移民确实是相对比较健康了，因病死亡的人数大量下降，朝廷得以在缅甸进行各种各样的的开发。