对于朝廷来说，比较重要的是活佛索南加措死后的承袭问题，格鲁派一向是采取转世灵童的制度，如索南加措就是上一代活佛根敦嘉措的转世灵童，嘉靖二十五年，哲蚌寺正式迎请了他的转世灵童，此即出生于堆龙德庆地方一贵族家的三世达赖喇嘛索南嘉措。
现在索南加措去世，按照之前朱载坖所颁布的诏书，新活佛的产生是要经过大明朝廷的承认才行的，同时新活佛还可以继承索南加措的朵儿只唱称号，活佛关系到朝廷对于蒙古、青藏的控制，干系甚大，所以太子是不好决定的，这种事情，必须要朱载坖亲自拍板才行。
三边总制郑洛详细上疏说明了此事，按照藏传佛教的说法，佛有法身、报身和应身三身，活佛就是佛在人世间的化身，又叫做应身。他们认为，佛之所以以活佛这种化身在人世间活动，为的就是更好的传播佛法，教化世人，用佛法来化解人世间的痛苦与灾难，用这种无差别的办法来帮助世人弃恶从善，并最终达到佛教的终极目标即超脱于轮回之苦。
所以这副皮囊只是一个躯壳罢了，上一代活佛去世之后，会转世成为新一代的活佛，即所谓的转世灵童，之前活佛的继承都是采取的寻找转世灵童的方式，选出下一任的活佛，其实在坐的都是玩政治的老手，当然明白所谓的转世灵童是个什么东西，虽然说子不语怪力乱神，但是要大明的这些重臣们相信这些活佛真有这么大的本事能转世，他们可没有这么好糊弄。
张四维当即就指出，所谓的转世灵童，根本就是子虚乌有的事情，郑洛考察了各活佛转世灵童的来源，一般都是活佛辖区的大土司家中，这就奇了怪了，这活佛投胎是给阎王拿了钱还是怎么的？就能够稳稳的投胎到这些大土司家中，这种花活大家都看得很清楚，只不过是宗教权力和世俗权力的更易罢了，当地的土司和活佛本就是一体两面的东西，活佛是宗教领袖，而土司则是世俗权力，通过所谓转世灵童的把戏，牢牢地将宗教权力也控制在这些土司们手中。
这点不管是朱载坖还是太子朱翊釴和在坐的重臣们都是很清楚的，所以为什么之前朱载坖在册封索南加措的时候特地在
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