他们所遇到的任何噶玛派僧人致敬，并强取豪夺哲蚌、色拉两寺的部分土地、牲畜等财产。在噶玛噶举红帽系第四世活佛曲扎益西怂恿下，仁蚌巴联合雅郊等地的地方头人进军拉萨地区，率万人大军驱逐格鲁派的靠山内邬宗宗本，并占领拉萨地区。大有推翻帕木竹巴政权之势，在这种情况下，格鲁派是需要大明的。
所以朱载坖在索南加措去世之后，果断采取措施，要干涉活佛的选任，就是因为现在格鲁派对大明有所求，大明能够通过各种方式影响到乌斯藏的政局，不管是直接册封还是经济上的支持，这些对于大明来说都是很容易的，所以朱载坖命令郑洛和格鲁派的长老们商量活佛的选拔仪式。
活佛的择立必须在大明的控制之下完成，同时也要经过大明皇帝的册封才能够行使活佛的权力，教权只能在皇权之下，这点是毋庸置疑的，普天之下莫非王土，率土之滨莫非王臣，在格鲁派答应这些条件的情况之下，大明可以在政治承认格鲁派和帕木竹巴政权的合法性，经济上给予特殊支持，让其垄断和大明和朝贡贸易，甚至可以直接派兵予以支持。