所谓法王、活佛，基本上都是太祖、成祖、武宗三朝所册封的，这样的大规模册封，使得乌斯藏的各种势力极多，无法形成对中原有威胁的力量，同时在各方政教势力的斗争中，不可避免的的要与外来的势力相勾结才能够使得自己的教派得以发展。
这点在格鲁派身上就很明显，原本格鲁派并不是乌斯藏的大教派，格鲁派的第一代活佛宗喀巴大师规定僧人必须断绝与世俗社会的联系，严守戒律，不可逾矩，需在寺院中清净修行。这些举措得到了乌斯藏地方政权的支持，格鲁派才得以壮大，但是面对其他教派的打压，格鲁派也必须寻找盟友。
索南加措等人最开始是希望取得蒙古人的支持，俺答汗也确实对于青藏颇为想法，试图染指青海，进而向乌斯藏发展，但是朱载坖显然比之俺答更加强势，在俺答死后，朱载坖果断出兵剿除了海虏，消灭了蒙古在青海的残余势力，同时将蒙古和青海隔断，使得蒙古虽然信奉格鲁派，但是却无法对雪域高原产生影响。
而真正能够直接影响到雪域高原的，很明显是大明，所索南加措晚年，他就认识到了这点，大明控制了青海之后，对于乌斯藏肯定是要加强控制的，这点索南加措是很清楚的，只不过由于雪域高原的地理特性，使得大明还一时无法直接控制乌斯藏，但是朱载坖也需要通过其他方式对乌斯藏加强控制。
支持格鲁派对于朱载坖来说是一个不错的选择，格鲁派也希望顺应时势成为大明在乌斯藏的代理人，以保全他们在乌斯藏的权力和地位。同时和格鲁派的政治盟友帕竹政权也愿意和大明合作，因为现在帕木竹巴政权在乌斯藏的统治已经是岌岌可危的，帕木竹巴家族内部分裂，属下贵族之间相互强取豪夺的斗争也愈演愈烈，拥有土地和农奴的各派寺院，自然也要牵扯这样一个斗争的巨大漩涡之中。于是就形成了僧俗结合的几个集团，相互之间明争暗斗，兵戎相见。
为了维护自己的教派利益，消灭和自己不同的教派，格鲁派必须要和大明合作才行，现在噶举派势大，噶玛噶举和止贡噶举直接使用暴力等手段胁迫格鲁派寺院和僧人改宗，规定格鲁派僧人必须向
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