，但是朝廷也发现了在南方朝廷的威信有所下降。
所以朱载坖借由收复缅甸和安南，还有打击浙直等处的地方势力，整顿了南方的官军，朱载坖认为仅仅加以整顿只是治标不治本的策略，真正要做的是在南方建立战略预备队，加强朝廷对于南方的威慑，所以朱载坖重新恢复了京操制度，在南北两京开始京操番上，加强朝廷对于各都司卫所的管理力度。
朱载坖还对于在南方配置战略预备队做了一些尝试，主要就是对于中都留守司的整顿，经过整顿之后的中都留守司，除了屯田各卫所之外，实有脱产军士四万余人，完全按照京营予以编制装备，是朝廷在南方除了南京京营之后所配置的一支战略预备队，极大的加强了朝廷对于浙直等省份的威慑力，加强了对于东南的控制。
除了整顿中都留守司之外，兴都留守司是在嘉靖十八年所设立的军事机构，隶属五军都督府中的前军都督府，驻地位于兴都承天府，主要负责显陵与承天二卫的守御防护事务，其只能定位与中都留守司类似，嘉靖二十一年，将原属湖广行都司的德安千户所、沔阳卫划归其统辖，形成湖广都司、行都司、留守司三个省级军事单位并立的格局。所辖显陵卫由荆州左卫改制，承天卫由安陆卫更名而来。
作为和中都留守司一样的建制，兴都留守司的地位也是很重要的，在之前的湖广分省之后，原来的湖广都司和湖广行都司被分别划分为湖北都司和湖南都司，兴都留守司维持不变，这就导致了兴都留守司的地位相对提高了，而朱载坖也有意在这里配置一支战略预备队，北控河南，南临湖广，扼九省之通衢，保江汉之无虞，地位是非常重要的。
同时随着朱载坖对于江汉平原的开发，这里继苏松之后成为了大明的又一个粮食产区，对于大明来说，湖广的地位是越来越重的，湖广日后将会成为南粮北运的一个重要节点，同时由于湖广的特殊地理位置，古人说居武昌之中，一水可通天下。武汉有“九省通衢”之称，天下要冲之地。
朱载坖对于太子和皇太孙说道：“湖广之形胜，在武昌乎？在襄阳乎？抑在荆州乎？以天下言之，则重在襄阳；以东
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