南言之，则重在武昌；以湖广言之，则重在荆州。夫武昌者，东南得之而存，失之而亡者也。”可见是地位之重要，所以朱载坖决定要在湖广以兴都留守司为骨干，组建一支战略预备队，配置在湖广。
除了在湖广组建战略预备队之外，在大明的要害地方，都要相应的配置战略预备队和机动部队，加强朝廷对于地方的控制，朱载坖认为中军都督府要发挥领导这些战略预备队的作用，同时将行都司的设立予以加强，朝野原本也在一些要冲之所设立了行都司，主要设置在偏远且重要的边疆要塞地区。
行都司的职能为掌管辖区军政事务，统辖下属卫所，与常规都司形成战略互补。陕西、山西等行都司隶属不同都督府管辖，如山西行都司属后军都督府，福建行都司隶属前军都督府，陕西、四川行都司隶属右军都督府，在之前的朝廷改革之中，将部分行都司属地化了，如陕西行都司改为甘肃都司，但是现在朱载坖要重新恢复部分地区的行都司。
通过这些行都司，加强朝廷对边疆地区和战略要地的军事控制，其"以武卫疆"的特征在九边防御体系中发挥重要作用。