理，应该改就要改，尤其是文教这么重要的事务，朱载坖肯定是要重视的，朱载坖决定在原来学政总署的基础上成立学部，专门负责教育、考试等事务，原各省直的提督学政也改为提学使司，加强朝廷对于教育和考试的管理，在学部下设学政、考试等专署，负责管理大明的学校建设和考试祖制，不仅仅是科举，还是各种资格考试，机械、算学等专门人才的培养等也一样有学部负责，自朝廷到地方省府州县，都要建立相关的衙门，加强对于教育的管理。
同时开办师范学堂，为朝廷培养教师，不仅仅要懂经义，对于算学、物理等也要予以教授，才能够保证大明的人才培养。
而对于礼部本衙，则主要负责外交礼仪等事务，但是也存在一个问题，按照朱载坖的所规定的朝廷官署品级，部院同为正二品衙门，是平级机构，而总署是从二品衙门，也就是是部院可以领导总署，但是不能由部领院或者由院领部，这是违背朝廷制度的，这也就意味着按照现在的制度，礼部和理藩院是两个平行单位，同样都是正二品，如果不加以改变的话，礼部是无法领导理藩院的。
就这个问题，朱载坖和礼部以及相关的官员们进行了多次讨论，对于理藩院的事情，朱载坖认为还是应该划归礼部统一管理，这样才能够保证朝廷的衙署不过多，朱载坖而很清楚，还是要控制朝廷衙署的数量，不能够使得朝廷的官署数目过多，这样一样会使得朝廷的行政效率低下。
对于礼部，由于其下属的官署非常之多，所以要进行统编兼并，减少朝廷的官署总数量，朱载坖决定在礼部下设立两大总署，将原本的理藩院降级为理藩总署，同时成立外务总署，将原本具备外交职能的各个衙门如鸿胪寺、四夷馆、同文馆等衙署，全部收归外务总署管理，以左右侍郎分别领导外务总署和理藩总署，同时将太常等等衙门也收归礼部直接管理，负责礼仪、祭祀等活动。
而对于工部，也是一样的办法，但是工部的情况又有所不同，之前在朝廷六部之中，工部的地位确实是不高的，因为现在是有非常鲜明的身份鄙视链的。商人和工匠的身份地位是最低的，农民都
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