镇卫内边，统一山西境内的兵防体制，同时将原宣大总督和提督改为山万总督及提督，负责山西和万全的防务，直接负责防御北虏。
而比较麻烦的是三边等辖区，之前朝廷在这些地方所设立的军镇不少，宁夏镇、固原镇、延绥镇、甘肃镇等，朱载坖认为要予以裁撤省并，同时由于设立了甘肃布政使司，原本陕西是边镇，现在不再临边了，成为内地军镇，同时青海作为朝廷日后经略乌斯藏的重要据点，地位也相应上升，所以朱载坖决定将原来的三边予以裁撤合并，设立新的甘肃镇和宁夏镇、青海镇，陕西镇退出边镇序列，原来三边总制和三边提督仍旧保留，但是辖区有所变化。
三边总制管辖甘肃、青海和宁夏三布政使司，三边提督则统帅甘肃、青海、宁夏三镇，陕西布政使司和陕西都司、陕西镇都退出边镇序列，成为内陆省份，这点的变化是很大的，而西域则成为单独防区，由总督、提督和相应的总兵、都指挥使负责。
而在内陆省份中有，也有各种不同的情况，如湖南、广西、四川、云南等省份，虽然是内地，但是由于其辖区内有大量的土司，所以也要予以关注，增强兵力，防止这些土司作乱，沿海的海防也是极为重要的，所以军机处对于整个大明的兵防都有予以重新规划，调整。
而新编制的实施也在京营和亲军诸卫中开始试点了，朱载坖在广泛征求了军中将领和朝廷官员们的意见之后，决定以团营作为大明的基本单位和战术编成，之前的团营是大明京营的一种编制，在土木之变后，由兵部尚书于谦从京军三大营中选拔精锐组建十团营，旨在强化训练与指挥统一，宪宗皇帝即位之后，选拔三大营中的精锐十二万，成立十二营。包括四武营(奋﹑耀﹑练﹑显)、四勇营(敢﹑果﹑效﹑鼓)、四威营(立﹑伸﹑扬﹑振)。各营又分为五军、三千、神机三营。由十二位侯爷掌军，各部都由勋臣做提督或都指挥来辅佐，由内臣做监军。其军士称为选锋。
虽然用团营之制，但是朱载坖的团营显然和当年的团营有所不同，营是大明官军的基本战术单位，通常由主力兵种和一些辅助部队所构成，朱载坖在
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