在日本警察的煽动下从楼上往下浇沸水，掷石块，甚至有人手拿刀棍参与混战。中国水兵猝不及防，又散布在各条街上，结果吃了大亏，被打死5人，重伤6人，轻伤38人。日本警察被打死1人，伤30人，当地市民负伤多名。
李鸿章深信此事错在日本：“长崎之哄，发端甚微。初因小争，而倭遂潜谋报复，我兵不备，致陷机牙。观其未晚闭市，海岸藏艇，巡捕带刀，皆非向日所有，谓为挟嫌寻衅，彼复何辞?”是非曲直显然，中国“断无不坚持到底之理”，而“日人自知理短，断不敢再生事端，贻人口实”。
三、李鸿章一念之差错失灭掉日本最佳良机
“长崎事件”发生后，北洋水师群情激奋，纷纷要求与日本一战。据有关史料记载，“定远”、“镇远”、“济远”、“威远”4艘铁甲舰迅速进入临战状态，官兵们褪去炮衣，将炮口对准了长崎市区。当时，总教习琅威理甚至主张对日全面开战。北洋水师提督丁汝昌电告李鸿章，只要李鸿章一声令下，具有压倒性优势的“定远”、“镇远”、“济远”、“威远”4艘铁甲舰上威力巨大的炮弹将会把日本的长崎市炸成一片焦土。
起初，李鸿章在得知“长崎事件”后，随即愤怒地召见了日本驻天津领事波多野，不无威胁地对波多野说：“如今开启战端，并非难事……”这就是说，李鸿章曾经考虑到向日本开战。如果，按照李鸿章此时此刻的愤怒之情，与日本开战不是没有可能。而此时中国拥有“亚洲第一”的强大海军军力，对日本具有压倒性的优势，灭掉日本也绝不是天方夜谭，还是有一定的机率的。
但是，结果李鸿章还是忍住了雷霆之怒，采取了外交和司法途径来解决“长崎事件”。当时，在李鸿章高级幕僚、法学家伍廷芳的策划下，驻日公使徐承祖依照国际法就事件同日本政府交涉，但日方强词夺理拒不认错，并拖延再三，希望不了了之。李鸿章决定“停审”，做出一种中国准备单方面处理此事的强硬姿态。总教习琅威理提出“撤使绝交、以兵相胁”的主张。这一招起到了敲山震虎的效应。
中日双方通过外交和司法的途
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