径进行了长达几个月的谈判，最后延至1887年2月，双方在英、德公使的调停下彼此让步，达成协议，称这次冲突是语言不通，彼此误会，没有追究责任和是非，对死伤者各给抚恤。日方付恤款5.25万元，中方付恤款1.55万元。此外，长崎医院的医疗救护费2千7百元由日方支付。
“长崎事件”虽然以通过外交和司法的途径得以解决，但是在日本当局的挑动下其民间的爱国情绪却因此被煽动起来。日本朝野的军国主义思想越来越浓厚，当时深受刺激的日本海军由此发狠：“一定要打胜‘定远’‘镇远’。”在军国主义思想蛊惑下，一些天真稚童竟也玩起打中国军舰“定远”、“镇远”的战斗游戏。李鸿章将北洋军舰送到日本修理本来含有威慑日本人的意图，却没想到竟如此深深刺激了日本人的民族心理。当然，如果当时李鸿章采取军事解决“长崎事件”的话，即便是不能灭掉或者摧毁日本，也会全歼当时的日本海军舰队，真正一开战清，政府派出所有的北洋水师舰艇轮番对日本所有港口以及边境城市进行炮击会让小日本气血大伤的（这样说的确是有点夸张，但是在当时那个时代，概率是很高的，当时的日本政府节省十来年的财政开支，以及广大日本民众的捐款才组建起一支还逊于北洋水师的海军舰队）。
如果做了那个选择的话，甲午战争的胜败将大不相同。