休晚年在薪村酬恩庵修建墓塔慈扬塔，那里成为他和阿森的比翼冢。在生命的尽头，他再次许下相爱三生的心愿：十年花下埋芳盟，一段风流无限情。
惜别枕头儿女膝，夜深云雨约三生。
1474年，一休宗纯受后土御门天皇的诏令，担任五山之一大德寺的第四十七代住持，重建毁于战火的寺庙。1481年，大德寺工程基本完工，八十八岁的一休宗纯也走到了生命的尽头，是年十一月二十一日圆寂于薪村酬恩庵，临终前作偈云：
须弥南畔，谁会我禅;
虚堂来也，不值半钱。
一休曾狂言：佛界易入，魔界难入。他冲破禅宗的种种清规，写诗批判禅林的种种衰微，表露真情。日本作家川端康成很爱这句话，常常挥笔题写，他在《我在美丽的日本》中曾言：
继佛界易入之后又添了一句魔界难入，这位属于禅宗的一休打动了我的心。归根到底，追求真善美的艺术家，对魔界难入的心情是：既想进入而又害怕，只好求助于神灵的保佑，这种心境有时表露出来，有时深藏在内心底里，这兴许是命运的必然吧。没有魔界就没有佛界，然而要进入魔界就更加困难。意志薄弱的人是进不去了的。