，为了使海关改革卓有成效，必须用支付高薪的方式使关员们保持廉洁。“一切费用，不可减少。若少，则所用之人，必为奸商所买。”
赫德制定了《中国海关管理章程》，实行高薪养廉。但是前提是公开透明，把海关关员的收入晒在阳光下。以华人为主的职务，工资虽然低于洋员，但是与中国社会的普通标准比起来也是非常高，几乎是其他国家相应的行政机关的两倍。除了基本年薪外，关员还享有年度奖金和福利津贴。员工在海关工作一定年限后能获得一笔额外的工资，如表现突出还会得到额外奖金和加薪。在海关干得越久，获得的待遇就越高，保障也越丰厚，这无形之中提高了海关人员的参与腐败的成本。
高薪养廉制度使关员无后顾之忧，也不必去冒贪污中饱的巨大风险，也保证了关员们的工作热情，促使他们长期地为海关效力。“新关之所以能如此高效运作与其高薪的工作报酬是直接相关的。”
综合起来看，赫德的几项管理制度是相互关联的：高薪激励机制，让关员们“不想贪”。先进的会计制度和审计监督制度，让关员们“不能贪”。严明惩戒制度，让关员们“不敢贪”。这三者互为补充，不可分离。
赫德不仅自己在海关实行高薪养廉，还把这个做法作为一项重要建议，贡献给清朝政府。当然，清政府并没有采纳这一建议。
高薪养廉要付出代价，那就是海关经费的大幅增长。在清代旧海关时代，粤海关每年经费很低，每年不过花掉一万多两。但是赫德接任总税务司后，这项经费随着通商口岸的增加而逐步提高。到1898年，因金镑涨价，赫德以各关洋员薪水按银发给，以银换金,“亏累太大”为名，又请增税务司经费。他的理由是：“如果不给他足够的资金，就无法期望他们保持廉洁。”海关经费由此每年达到3168000海关两。
但是清政府却很痛快地批准了如此高的经费标准，这是因为朝廷认为这些经费花得值得:在赫德的管理下，关税收入迅速提高。1861年，海关税收是490余万两，到了1871年，仅仅十年，就达到1100余万两，翻了一
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