抱负的贤能之士得以脱颖而出，充实到各级官僚队伍之中，为大汉王朝的长治久安奠定了坚实的人才基础。
在法制建设方面，刘肇摒弃了此前严刑峻法的治国理念，转而主张宽刑慎罚，体恤民情。他特意任命陈宠担任掌管刑狱的廷尉一职。陈宠此人，生性仁厚，富于同情心，断案之时，从不滥用酷刑，而是始终依据儒家经典之中的仁政思想，“务从宽恕”。在他的主持之下，许多积压已久的冤狱得以平反，不少罪不至死的囚犯得以从轻发落，朝堂之上的法治风气为之一新，百姓们也纷纷称颂刘肇的仁德。
刘肇的宽仁之心，不仅体现在治国理政之上，更体现在对身边人的包容与体谅之中。永元九年（97年），曾经临朝称制的章德太后与世长辞。由于当年宫廷之中严守秘密，汉和帝刘肇实为梁贵人所生的身世，始终未曾对外公开。章德太后去世之后，梁家之人终于敢将当年的真相奏明朝廷，为含冤而死的梁贵人讨一个公道。直到此时，刘肇才终于知晓了自己的身世之谜，明白了自己的亲生母亲并非章德太后，而是那位早逝的梁贵人。
在如何安置章德太后的身后之事上，朝堂之上再度引发了一场激烈的争论。三公大臣联名上奏，提出：“请依光武帝黜吕太后故事，贬章德太后尊号，不宜合葬先帝。”他们认为，章德太后当年专权跋扈，残害忠良，甚至谋害了刘肇的生母梁贵人，理应剥夺其尊号，不准与汉章帝合葬。然而，刘肇却念及章德太后对自己的养育之恩。自襁褓之中起，他便被章德太后收养，太后虽有诸多过错，却也曾悉心照料他的衣食起居，将他扶上太子之位。思及此，刘肇感慨万千，认为“恩不忍离，义不忍亏”，不应因为太后的过错，便将其养育之恩全然抹杀。最终，他力排众议，不仅没有降黜章德太后的尊号，反而追谥其为章德皇后，准许她与汉章帝合葬。与此同时，刘肇还对自己的生母梁贵人、以及同样遭受冤屈的宋贵人的后事，作出了妥善安置，追封梁贵人为皇太后，为其平反昭雪，以告慰其在天之灵。
在经济民生方面，刘肇更是将体恤百姓疾苦的理念贯彻到了实处。他多
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