次下诏，命令各地官府开仓放粮，赈济遭受水旱灾害的灾民，妥善安置流离失所的流民；同时还屡屡减免百姓的赋税，减轻民众的负担。他深知农业乃是国之根本，因此多次告诫地方官吏，务必督促百姓农桑，勿违农时，以保证农业生产能够顺利进行。在刘肇的勤勉治理之下，东汉王朝的经济得到了空前的发展。到永元十七年（105年），全国的垦田面积达到了七百三十二万多顷，创下了东汉一代的最高纪录；户籍人口更是增长到了五千三百二十五万多人，呈现出一片国泰民安的盛世景象。
永元五年（93年）二月，刘肇得知，去年秋季各地的小麦收成欠佳，百姓家中粮食匮乏，心中忧虑不已。他当即下诏，要求各郡国详细上报境内贫困到无法自给自足的户口人数，以便朝廷精准施策，予以救济。同时，他还在诏书中严厉指出：“以前郡国上报的贫民，用衣鞋和炊具当饭钱，而豪强却以此谋利。”原来，此前有些地方的豪强地主，趁着贫民无粮可食之际，巧取豪夺，用极低的价格收购贫民的衣物、炊具等基本生活物资，借此压榨百姓，中饱私囊。刘肇得知此事后，怒不可遏，当即下旨查办这些为富不仁的豪强。他还严令规定：如果有郡国长官不能以身作则，亲自督促农业生产，反而肆意骚扰百姓，加重民众负担，若再有此类情况发生，即便是二千石的高级官员，也要先投入大牢，依法治罪。这道诏令的颁布，极大地打击了豪强地主的嚣张气焰，保护了贫苦百姓的切身利益。
刘肇体恤民众疾苦的举措，远不止于此。他多次诏令各地官吏清理积压的冤狱，为蒙冤之人平反；抚恤鳏寡孤独，为他们提供基本的生活保障；矜悯孤儿弱童，设立专门的机构加以收养；并一再减轻百姓的赋税徭役，让民众能够休养生息。与此同时，他还常常告诫上下官吏，要认真反思自身的施政得失，思考造成天灾人祸的自身原因。而刘肇自己，也常常以“万方有罪，在予一人”的古训来自责。例如永元八年（96年），京城洛阳地区发生了严重的蝗灾，庄稼颗粒无收，百姓苦不堪言。刘肇得知此事后，当即下诏罪己，开
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